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Gleichgeschlechtliche Pärchen sind tatsächlich immer sowas wie ein Pulverfass. Kaninchen interessieren sich übrigens nicht für 5 Cent für Verwandtschaftsverhältnisse, dass sie Schwestern sind ist deinen beiden also völlig wurscht.
Wenn sichergestellt ist, dass keine von beiden ein medizinisches Problem hat - denn das kann zu Stress führen, wenn entweder das unter Schmerzen oder hormonellem Ungleichgewicht leidende Tier angreift oder das gesunde Tier das kranke attackiert und verjagen will - dann wäre eine Option, einen oder zwei Kastraten dazuzusetzen, um das Gruppengefüge auszugleichen. Natürliche Kaninchenkolonien bestehen ja im Prinzip aus einer Ansammlungen von Pärchen, die Rangordnungen sind geschlechtsspezifisch. Eine andere Möglichkeit, die du probieren kannst, wäre mehr Platz. Du hältst dich zwar an die Grundmaße, aber wieviel "genug" Platz ist, entscheiden immer die Tiere. Es dürfen auch nie Sackgassen entstehen, also Unterschlüpfe mit nur einem Eingang, denn in solchen entstehen die schlimmsten Prügeleien.